Khử trùng hạt giống đề phòng bệnh lúa von, bệnh khô vằn làm thối mộng mạ.... Lây truyền từ vỏ hạt giống sang cây mạ.

 Dùng nước nóng 54oC, cách làm như sau: hoà 2 phần nước lạnh với 3 phần nước sôi (3 sôi + 2 lạnh), lượng nước xử lí cần gấp 3-5 lần lượng thóc mới đảm bảo đủ nhiệt độ diệt nấm. Trước và sau khi cho thóc giống vào xử lý, cần lấy nhiệt kế đo nhiệt độ, nếu chưa đủ 54oC cần cho thêm nước sôi vào, vừa đổ vừa khuấy đều, thời gian xử lý 3-5 phút duy trì nhiệt độ 54oC mới đạt yêu cầu, biện pháp này phức tạp, khó thực hiện.

 Nhưng dễ làm và thuận tiện hơn cả là dùng nước vôi trong 2 - 3%. Cách làm như sau: Dùng 2 - 3 lạng vôi cục hoặc 4 - 5 lạng vôi mới tôi hoà trong 10 lít nước. Để lắng 15 - 20 phút lọc lấy 6- 7 lít nước vôi trong, ngâm được 6 - 7kg thóc giống. Nếu lượng thóc giống lớn hơn phải dùng lượng vôi, lượng nước nhiều hơn. Thời gian ngâm nước vôi trong là 10 - 12 giờ.

 Có thể dùng thuốc trừ nấm: CuSO4 (1-4%); Bavistin, Daconil, Captan... nồng độ 0,3% ngâm trong 12 giờ. Ngâm tiếp bằng nước lã 48 tiếng đối với lúa thuần (đủ 60 giờ cả nước thuốc và nước lã) và 36 giờ đối với lúa lai (đủ 36 giờ cả nước thuốc và nước lã). Chú ý ngày thay nước 2 lần, để thóc trong bóng râm mát để phòng hiện tượng thối hạt giống do nước chua hoặc nhiệt độ cao. Đãi sạch hết nước chua, đem hạt giống ủ 25 - 30 giờ, hạt giống sẽ nảy mầm "gai dứa" đem gieo là vừa.